1856年10月至1860年10月，英、法两国联合发动了侵华的第二次鸦片战争，其目的是夺取更多的殖民特权。腐败无能的晚清政府，对外敌入侵采取摇摆不定的政策，以致节节败退。1858年5月，英法侵略军在俄、美两国的支持下，攻占大沽，近逼天津，清政府被迫与英、法、俄、美签订了丧权辱国的《天津条约》。咸丰十年（1860）7月，英法侵略军万余人闯至大沽口外，借口护送公使进京换约而重燃战火。清政府战守不决，侵略军未经战斗自北塘登陆，不日大沽口北炮台失陷。咸丰帝命海口撤防、议和，侵略军直逼通州。9月18日，通州谈判决裂。9月21日，八里桥决战，清军先重创侵略军而后溃败。9月22日晨，咸丰帝自圆明园仓皇逃往承德。10月6日，英、法联军向北京城西北郊进犯，僧格林沁所率清军残部不战而逃，侵略军直扑圆明园。10月7日起，英法侵略军官兵涌入圆明园大施抢掠，亿万文物珍藏被洗劫一空，携不走者则击而毁之。正当清政府屈膝退让，并答应接受英法议和条件之际，英国侵华头目额尔金、格兰特为迫使清廷长期屈服，又节外生枝地借口其被俘虏人员在圆明园遭到虐待而悍然下令火烧圆明园。10月18日、19日，英军3000余名骑兵，连续两天在圆明园到处纵火。大火三昼夜不熄，一代名园惨遭焚毁。

　　1860年圆明园被焚后，圆明三园内还残存有一些建筑，仍是皇家禁园，并继续保留总管等官员。同治年间曾试图部分重修圆明园，但因财力不足而中途作罢。1900年，八国联军攻入北京城，慈禧太后携光绪帝仓惶西逃。侵略军在京城内烧杀掳掠，京城内外秩序大乱。战乱中，土匪、兵痞、管园太监等趁火打劫，推倒残存建筑、拆运木料砖瓦。历时数月，圆明园原幸存及经同治、光绪两朝修缮、拆盖的百余座数百间园林建筑，均遭彻底毁灭，古树名木被砍伐殆尽。至此，圆明三园除残垣断壁、荒草凄凄之外，幸存者仅有绮春园宫门、福缘门门楼及正觉寺几座屋宇。清末，作为禁园的圆明园，园内的稻田、苇塘租给园户们植种，每年皇室收取租金。清帝逊位后，圆明园虽仍属皇室私产，但园内的砖石遗物等遭到巧取豪夺或有组织地损毁。1928年下半年，北平特别市接管园明园遗址后，园内残存砖石被多次变卖或经批准挪作他用。就这样，经过入侵者的“抢劫”、“火劫”，以及其后的“木劫”、“石劫”、“土劫”，一代名园最终沦为了一片废墟。